在现实经营中，母公司吸收合并全资子公司的案例时有发生，也就是通常所说的把全资子公司转为分公司。该项企业重组业务是否符合《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）和《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2010年第4号）规定的特殊重组条件？是否属于财税〔2009〕59号文件所说的“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”？这些问题，在实践中有两种截然不同的观点。
第一种观点
第一种观点认为，母公司吸收合并全资子公司，不属于“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”，不符合特殊重组条件。
持此种观点的人认为，财税〔2009〕59号文件规定，符合特殊重组必须符合3个原则：（1）合理商业目的原则；（2）权益连续性原则，即重组交易对价中涉及股权支付金额不低于其交易支付总额的85%和企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权；（3）经营连续性原则，即被收购、合并或分立部分的资产或股权比例不低于75%，和企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。由于母公司在合并前是持有子公司100%股权，通过持股关系，能够享受全资子公司资产产生的收益，在吸收合并后，全资子公司注销，母公司对子公司不存在持股关系，进而无法通过持股方式享受到原来资产产生的收益，而是转为直接控制子公司的资产，原来的权益无法得到持续，即不是通过持股方式享受到原来资产的收益。因此，无法满足并购重组企业所得税规则中的“权益连续性原则”，不适用特殊重组。
另外，母公司吸收合并全资子公司，也不符合会计上的企业合并。《企业会计准则第20号——企业合并》第二条指出，企业合并，指将两个或者两个以上单独的企业，合并形成一个报告主体的交易或事项。会计准则的合并需要符合3个条件：（1）被并购对象构成“业务”；（2）能够实际控制；（3）能够引起报告主体的变化。母公司吸收合并全资子公司，不会引起报告主体的变化，不符合第三个条件，所以不是会计准则上的合并。
综上所述，母公司吸收合并全资子公司，不符合特殊重组条件，应按一般性税务处理，即按照如下方式处理：
1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
第二种观点
第二种观点认为，母公司吸收合并全资子公司，属于“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”，符合特殊重组条件。
持此种观点的人认为，母公司吸收合并全资子公司，符合财税〔2009〕59号文件规定的合理商业目的原则、权益连续性原则、经营连续性原则3个原则。与第一种观点不同的是，在阐述权益连续性时，有人认为，母公司在合并前是持有子公司100%股权，通过持股关系，能够享受全资子公司资产产生的收益，在吸收合并后，全资子公司注销，母公司虽然对子公司不存在持股关系，也无法通过持股方式享受到原来资产产生的收益，但是由于直接控制子公司的资产，仍然享有注销前全资子公司资产产生的收益，根据实质重于形式的原则，该合并仍然保持了权益的连续性。
站在集团的角度看，母子公司合并和兄弟公司合并本质上没有什么区别，都是让资产“从一个兜里放到另一个兜里”，都是为了整合资源，提高资源的利用率、理顺产权关系的方式，如果只允许兄弟公司合并适用特殊性税务处理，而让母子公司合并适用一般性税务处理，有点儿厚此而薄彼。
从财税〔2009〕59号文件立法本意上看，由于企业重组基本上是全部资产的流转，实质是资本运作，对实体生产经营并无影响。处于税收中性与纳税必要资金原则的立场，财税〔2009〕59号文件规定，符合规定条件的情况下，可以采取特殊税务处理，即递延纳税。显然，母公司吸收合并全资子公司，符合财税〔2009〕59号文件的立法本意，属于同一控制下且不需要支付对价的企业合并。不同的是，兄弟公司的同一控制人为其共同的母公司，而母子公司的统一控制人为母公司的股东。可见，同一控制下的合并，又分为向上合并、向下合并（母子公司合并）、兄弟合并，这三种情况均不需要支付对价，均符合财税〔2009〕59号文件的条件。
母公司吸收合并全资子公司的账务处理
母公司吸收合并全资子公司如何进行账务处理，现在会计准则没有明确的规定，但主流的处理方法是：在母公司个别财务报表层面，应于吸收合并完成日，按照该子公司的各项资产、负债，在母公司合并报表层面的账面价值（即以母公司原取得对该子公司控制权的购买日的公允价值为基础持续计算的金额，不仅包括可辨认资产和负债，也包括原先在购买日确认的商誉在内）对所取得的子公司各项资产、负债进行初始计量，同时终止确认原有的对该公司的长期股权投资。按上述原则确定的取得该子公司净资产初始确认金额，与被终止确认的对该子公司长期股权投资账面价值之间的差额中，属于该子公司的可供出售金融资产公允价值变动等其他综合收益项目的部分，贷记或借记“资本公积——其他资本公积”，其他差额确认为投资收益。可见，从会计处理的主流观点上看，母公司将子公司注销变为分公司，仅是法律形式的变化，并未改变母公司所能控制的经济资源及其风险报酬特征，从侧面证明其资本运作的本性。
其实，从《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发〔2003〕45号）的规定中可以看出端倪。国税发〔2003〕45号文件第六条第三款规定，企业为合并而回购本公司股票，回购价格与发行价格之间的差额，属于企业权益的增减变化，不属于资产转让损益，不得从应纳税所得中扣除，也不计入应纳税所得额。虽然该文件根据《国家税务总局关于公布全文失效废止、部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》（国家税务总局公告2011年第2号）的规定已废止，但从中也能看出母公司吸收合并全资子公司是不妥当的。
笔者认为，第二种观点更能体现财税〔2009〕59号文件的立法本意，应适用特殊性税务处理，即合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定；被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继；可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率；被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
